首都医科大学附属北京儿童医院胸外科是目前全国最大的专门独立从事儿童普胸外科手术的专业。北京儿童医院胸外科建于1972年，在老一辈医生的领导下，经过几代人多年的不懈努力，使本专业的学术水平在国内小儿胸外科处于领先地位。
儿童医院胸外科的主要治疗的病种包括：胸壁畸形的矫治、胸膜疾病的治疗、气管、食管、肺部疾病的诊断和治疗，以及横膈、纵膈疾病的诊断治疗。三十年来先后完成各种胸外科手术6000余例。现每年施行胸外科手术600余例。对各类复杂的及有合并症的胸壁畸形的治疗，是胸外专业特色。漏斗胸是发病率最高的胸壁畸形，漏斗胸病人多，治疗任务重，从上世纪80年代采用“胸肋V形截骨矫形”治疗漏斗胸，我专业水平即处于全国领先地位，并在漏斗胸治疗上取得了“漏斗胸科研奖”“研制漏斗胸器械奖”两项奖项。从1998年美国的Nuss医生首先报道Nuss手术治疗漏斗胸，Nuss手术就由于切口小而隐蔽，手术时间短，出血少，恢复快，不需要游离胸壁肌肉皮瓣，不需切除肋软骨及胸骨，可以长期保持胸部伸展性，扩张性，柔韧性，和弹性，被称为胸壁矫形手术的革命。北京儿童医院胸外科专业从2000年开始探索行Nuss手术，2002年正式引进手术器械和支架，现已实施Nuss手术1600余例，是国内实施此手术最早也最多医院，也是世界上实施此手术最多的医院之一，术后效果居国内领先，并自己研发创新手术器械并获得专
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利。从2008年，北京儿童医院胸外科在Nuss手术治疗漏斗胸的基础上，利用微创Nuss手术原理率先在国内开始治疗鸡胸，现已实施微创胸骨沉降术治疗鸡胸98例，也是世界上最早实施此手术和最多的医院之一。
2007年，儿童医院胸外科成功举办了“全国胸壁矫形学习班”，此学习班学员150余名，并邀请到了Nuss手术的发明者Nuss医生讲课并手术展示。由于学习班受到全国广大胸外科医生的好评，并对Nuss手术向全国的推广起到了非常积极的作用。2007年Nuss医生特别授权北京儿童医院为微创漏斗胸矫形NUSS手术的中国唯一培训中心。近年来在中心在国内积极进行Nuss手术及微创鸡胸的推广，与北京、上海、广东等国内近百家大型医院进行学术交流，2009年、2010年举办了第二、三届全国胸壁矫形微创手术学习班。有上百名医师来中心参观学习和交流，使儿童医院胸外科在胸壁矫形方面不论在国内还是国际均处于领先地位。曾骐主任由于其精湛的技术和丰富的临床经验成为胸壁矫形领域的学科带头人。2010又年被美国聘为国际培训医生。近年来胸外科专业还开展利用悬吊腔镜治疗叉状肋，也是国内唯一实施此手术的医院。
从1998年起北京儿童医院胸外科开展了小儿胸腔镜手术，用胸腔镜诊断治疗小儿胸部疾病取得了良好的效果。十余年来不断扩大胸腔镜在小儿胸外科领域的应用，包括肺、胸膜、纵膈疾病的活检，肺囊性病、纵隔肿瘤切除、脓胸、乳糜胸、漏斗胸、贲门失驰症、膈疝以及心包开窗等手术。目前已有70%的胸腔手术用胸腔镜微创手术替代。
胸外科在完成繁忙的临床工作的同时，注重临床科研工作的开展，特别是在胸壁畸形矫形领域。目前承担多项北京市科委、教委等课题项目。近3年在SCI及国内核心期刊发表多篇文章。
胸外科现有正主任医师一名，主治医师一名，住院医师两名。设有床位18张。由于北京儿童医院是全国最大的综合儿科医院，专业分工非常细致，各专业之间形成了强有力的支持，再加上本专业是国内收治儿童胸外科病人最多的单位，使北京儿童医院胸外科成为国内综合实力最强，技术水平最先进，治疗效果最好的专业之一。
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